根据现代医学和科学证实，人体是一个多因素相互制约、相互协调的有机平衡体。这个有机平衡体由许多体内及体内体外子平衡系统相互制约与协调，得以维持大平衡系统的稳态。稳态的保持是健康，稳态的破坏是疾病。
亚健康状态产生的根本原因是由于这个大平衡系统中的个别或若干子平衡体的稳态调节发生或出现障碍，影响人体大平衡系统稳态的自我调节或相互调节的功能，进而降低其协调能力，使人体对内、外环境变化的适应性降低。但在这个阶段，人体的大平衡状态尚未被破坏，只是处于临界水平中，即人体处于亚健康状态。目前，医学界的认识尚不一致，大多数医学专家认为以下几个方面是造成亚健康状态的主要原因。
1、恶劣的自然环境
随着社会的不断发展，人们生活水平的提高和生存环境恶化之间的矛盾日益突出。车辆的增多、人口的增加，使很多居住在城市的人群生存的空间相对狭小；大气污染、噪声污染、水污染、光污染、电磁污染等对人体的心血管和神经系统都会产生很多不良影响；城市里高层建筑众多、交通拥挤、住房紧张、房间封闭、办公场所过于狭小等，均可使空气中负氧离子浓度和组织细胞对氧的利用率都会降低，进而影响组织细胞正常生理功能。同进，臭氧层破坏、温室效应、沙尘暴、强紫外线等环境恶变因素，使人常处于一种阳盛火旺的状态，从而令人感到心情郁闷、烦躁。气候对人体的影响多通过人体所处的小环境才能发挥作用。随着大规模的城市化和各种现代化设施的介入，人们生活在人工营造的恒定环境之中，如夏季室外酷暑炎炎，室内冷气习习；冬季户外冰雪凛冽，屋内暖气融融。温度的悬殊使人体腠理汗孔骤开骤闭，应该闭藏时反而人为地排泄，应该发散时却硬性闭阻。这样体内浊气易化为湿邪，日久则人体正常生理功能遭到破坏，失去其特定的内环境稳定性，形成湿盛体质，从而产生亚健康状态。
2、复杂的社会环境
人类既具有生物属性，又具有社会属性和思维属性。人的健康和疾病受到自然环境的影响，同时也受到社会、心理因素的影响。现代社会中异常激烈的竞争，日益膨胀的信息流量，不断增长的效率意识，错综复杂的人际关系，日趋分化的物质利益等，使人长期的身心紧张得不到及时调节。思虑过度，就会出现心理失衡，甚至会影响人体的神经液调节和内分泌调节，进而影响机体各系统的正常生理功能，使机体的免疫力下降。在这种情况下，机体出现疲劳感、食欲下降、睡眠不佳、精神紧张、情绪躁动、心灵疲惫、焦虑不安等，从而产生亚健康状态。
