发现食管溃疡，应通过详细地询问病史及体格检查，结合其它辅助检查作出正确的诊断。检查时应考虑到下列几种疾病：
(1)食管良性溃疡：
病人有胸骨下段后方或高位上腹部不适或疼痛，常发生于进食或饮水时，卧位时加重，疼痛可放散至肩胛间区、左侧胸部或向上放散至肩部和颈部，咽下困难亦较常见。X线及内镜检查见溃疡多为圆形、椭圆形或线形，边缘光滑、整齐，溃疡底部平滑，上覆白苔或黄白苔，周边充血，肿胀明显，但柔软，弹性好，活组织检查无肿瘤细胞。
(2)食管癌：
病人除具有上述症状外，还伴有消瘦、体重明显减轻、贫血等症状；并有进行性的吞咽困难。晚期还可有颈淋巴结的转移而出现淋巴结肿大。X线及内镜检查见溃疡形状不规则，边缘不整齐，溃疡底部不平坦，有污秽苔附着，周边粘膜质脆，触之易出血，常有结节样隆起、僵硬，可有糜烂。脱落细胞及活组织检查，常可找到癌细胞。
(3)食管克隆氏病：
克隆氏病可累及整个消化道，如果病变仅限于食管，则称为食管克隆氏病，病理学特点是以溃疡性或非干酪性肉芽肿性病变为主。临床表现主要是咽下困难和疼痛。在活动期红细胞沉降率加快，有的可合并关节炎、皮肤湿疹、口腔及会阴等处的溃疡。X线及食管镜检查见食管呈慢性溃疡炎症改变，粘膜不规则或管腔狭窄，病变初见于食管下段，以后逐渐向上蔓延，直至累及整个食管，粘膜充血、糜烂、浅表溃疡、及肉芽肿，并可因穿透性溃疡而产生多发性瘘管。病理检查为非特异性的急性和慢性炎症。
(4)食管结核病(溃疡型)：
食管结核几乎均发生于晚期肺结核、喉结核、纵隔结核或骨结核的病人，原发性食管结核极为罕见。溃疡型是最常见的类型，除患部疼痛外.X线及食管镜检查可见管腔狭窄、溃疡及由于周围粘连肿大的纵隔淋巴结的压迫而造成的食管外形不规则，镜下见溃疡浅在，基底灰白色，周围粘膜有多数黄色小结节，即结核结节。活组织病理学检查及细菌培养可帮助确定诊断。
(5)其它还有如念珠菌样食管炎、疱疹及病毒性食管炎等也需进行鉴别诊断。通过病理及细菌学检查，再结合相应的临床症状，不难作出诊断。
