避孕丸具有的避孕功效虽属可靠，有些妇女对服食避孕丸仍有较大的顾虑。有些在服药期间会有许多不舒适的感觉与并发症。即使在停止服药后，尚需使用其他避孕方法，继续避孕一个时期后才能怀孕，否则的话，尚有引致婴儿的后患。
澳洲的新南威尔斯大学的妇产科医生们将一千名诞生双胞胎的产妇，加以分析统计，发现停服避孕丸后六个月内怀孕者较多。未服避孕丸而怀双胞胎者占少数。服药产妇的双胞胎中，诞生畸形儿的比例数较大，尤以停药三个月以内者为最多。
停药以后的怀孕是生理现象，是不可避免的事，但对刚停止服用避孕丸的妇女们说来这却是意外。由於有人以为服药已久，停药后在短期内是不会怀孕的，所以没有继续避孕。停药怀孕这件事并不可怕，可怕的是诞下的婴儿有畸形。
避孕丸是两种女性荷尔蒙组成的，服药期间荷尔蒙对卵巢中的卵子已经产生了刺激作用，这就是停药后，在短期内怀孕而诞生畸形儿的由来。若在停止服用避孕丸后，经过三次排卵，新的卵子未曾受过避孕丸的刺激而怀孕，就不会有畸形与怪胎的产生。因此聪明的妇女在停服避孕丸后，至少再避孕三个月以后再怀孕，才是安全之策。
这种短期的避孕法最理想的是外用法，即男用的避孕套，或女用的子宫帽较实际而无副作用，不能用避孕针药替代。避孕针药也是荷尔蒙制剂，与避孕丸的作用相同，同样地对卵子有一定的刺激作用的。
