患有某些遗传代谢性疾病、如半乳糖血症的婴儿是绝对不能吃母乳的。半乳糖血症是一种先天性酶缺乏而引起的代谢性疾病，由于缺乏酶，人乳中的乳糖不能很好地代谢，乳糖代谢不完全的产物是一些有毒的物质，这些物质聚集在体内，就会影响神经中枢的发育，造成孩子智力低下、白内障等。所以对新生儿喂奶时出现拒乳、严重呕吐、肝脏肿大等表现时应当及时请儿科医师诊治。孩子有白内障时，要高度怀疑本病。一旦怀疑是半乳糖血症，就要停止喂奶类食品，改用大豆制品喂养婴儿。
另外还有两种不能完全用母乳喂养的疾病，一是苯丙酮尿症，另一种叫枫糖尿症。这两种病都是氨基酸代谢异常的疾病，如果全部用母乳或动物乳汁喂养婴儿，孩子也会出现智力的障碍。预防智力障碍的方法就是调整饮食中的氨基酸含量，减少母乳喂养，给予治疗食品，患这两种病的孩子，小便中有很特殊的气味，婴儿还会出现喂养困难、反应差等表现。至于婴儿患其它疾病时，是用不着停喂母乳的。
