在本世纪初期以前，古老的中医学尽管有无数的病例可以证明其有无比的价值，但在有些方面不完全符合现代西方科学的"规则"，故而被排斥在科学的大门之外。这也难怪，用现代科学是无法规范中医学的。举一个简单的例子，你说中医是内科还是外科？如果说它是内科，可中医往往离不开推拿与针灸；如果说它是外科吧，可中医又涉及汤剂。这就让那些办事很认真的外国人感到为难，因为西方基本上没有内科外科混为一体的医学模式，怎么看中医也不符合规则，美国就规定：凡进行针灸的，必须有外科行医执照。
另一方面，中医从头到脚散发着西方人不能忍受的迷信气味。例如，明代大医学家张介宾就说："是以《易》之书，一言一字，皆藏医学之指南，一象一爻，咸寓尊生之心鉴、"而且中医普遍有"医者，《易》也"的说法。《易》是什么呢？它就是《易经》啊！说起《易经》，那可是了不得的，现在许多人都认为这是一部卜巫之书，就是从前巫师用的经典之作，是彻头彻尾的迷信。再看中医的架式，治病先要望、闻、问、切，望是什么，了就是相面顺，中医满嘴的精气、阴阳，西方人就是想破了脑袋也不会知道究竟是什么意思，而且这类词句绝对是不能翻译的。于是，如来承认了中医，那无疑要承认许多稀奇古怪的理论，而这些理论在西方人看来又散发着迷信的臭气。
中医学还有一个特点令西方科学不满意，那就是它的经验性，或者说它的主观性。中医的医就是"意"，这个意有很强烈的主观意志性。比如，像把脉这种事，那就全凭经验，同样的浮脉或洪脉，它主什么病，虽然有一些医书的根据，但更多的却是凭经验，凭感觉，这里面玄妙得很，只可心领神会，却不可言传语达。这与西方实证性的规则是不相符的。
更成问题的是关于中医的来源问题。西医学的源头有一条十分清晰的脉络可寻找，它是来源于生理解剖学。而中医的来源却没有人能够说清楚，有人说，中医是中华民族几千年在劳动过程中积累而成的。比如说，有一个人上山割破了手，他偶尔抓起一把草按上去，鲜血马上不流了，所以知道此草有止血的功能等等。但这个解释很难令人信服，最主要的是它没有实证性，因此当然很难被西方现代科学接受。
西方现代科学不承认中医学那该怎么办呢？中国人采取了两种方法。第一种是把中医的理论猛劲往西医上靠，你不是不理解什么是经络吗？那好办，我把经络说成是血液循环系统或神经系统不就行了吗？第二种是把中药还原成化学成分，你不是不懂中医的汤剂吗？那也好办，我把汤剂还原成你知道的普通化学分子式。许多人给这种方法起了一个好听的名字叫"中西医结合"，实际上，这样结合出来的东西很可能是非驴非马的怪物。
比如说，近几十年我们发明了中医化学，即用化学检测的方法来研究中药成分。也就是说，把中医最终还原为西医学，将草木、动物、植物、矿物质等中药最终以化学分子式来体现。这种方法合适吗？化学的配方可以完全还原中成药的疗效吗？如果能，那也就无所谓中医和西医了。中国人用这种方法试图弥补中药药理的想法很可能是大错而特错，这对中药根本于事无补，甚至我们是在出卖自己的医学。
举个简单的例子，中医有一剂"当归补血汤"，用黄芪和当归组方，它是根据中医"有形之血不能速生"，而"生于无形之气"的原理，实际上并不是补血而是补气。如果要用化学检测的方法来说明药理，那么你就必须解释什么是"气"，这个"气"相对应的是西医中的哪个东西，这个"气"与血又有什么重要的关系，黄芪中哪一种化学成分与"气"的哪一个部分发生作用。如果解释不了"气"，那么即使把当归和黄芪的化学成分分析得再清楚，同样无法说明中药的药理。
