中医治疗学强调治疗要从整体出发，注意整体的阴阳气血失调情况，并从协调整体阴阳气血及脏腑的平衡出发，扶正祛邪，消除病变对全身的影响，切断病变在脏腑间相互传变所造成的连锁反应，从而通过整体的治疗效应，达到消除病邪治愈疾病的目的。如心开窍于舌，心与小肠相表里，所以可用清心泻小肠火的方法治疗口舌糜烂。其它如“从阴引阳，从阳引阴，以右治左，以左治右”，“病在上者下取之，病在下者高取之”等等，都是在整体观指导下确定的治疗原则。中医临床学的辩证论治，实际上即是整体治疗观的具体体现。
人体不仅本身是一个有机的整体，而且人体与自然界也存在着对立统一的整体关系。人生活在自然界之中，自然环境和自然条件是人类所赖以生存的物质基础。同时，自然界的各种变化，又直接或间接地影响着人体，而机体则相应地产生反应。属于生理范围的，即是生理的适应性；超越了这个范围，即是病理性反应。
（1）季节气候对人体的影响
一年四季的气候各不相同。春温、夏热、秋凉、冬寒，这是一年四季中气候变化的一般规律。人体在四季气候的规律性影响下，也以不同的生理功能来适应。如春夏阳气升发在外，气血容易浮于体表，故皮肤松驰，腠理开泄，人体就以出汗散热来调节。秋冬阳气收敛内藏，气血闭于内，故皮肤致密，出汗减少，体内必须排出的水液就从小便排出。在病理上人体也同样受自然界气候变化的影响。当气候变化过于剧烈，超过了机体调节功能的一定限度，或由于机体本身不够健全，不能与外在的变化相适应时，就会产生疾病。如春天多温病，夏天多热病，秋天多燥病，冬天多伤寒。临床上某些疾病如痹症、哮喘之类，也往往在气候急剧变化之际，或节气交替时节，病情复发或加剧。
（2）昼夜晨昏对人体的影响
《素问》说："平旦人气生，日中而阳气隆，日西阳气虚，气门乃闭。"这说明了人体内阳气的昼夜波动。这与现代生理学研究所揭示的体温日波动曲线吻合，说明人体功能随着昼夜的寒温变化出现节律性的改变。昼夜晨昏的变化，同样对疾病有一定的影响。《灵枢》指出："夫日病者，多以旦慧，昼安，夕加，夜甚。"即一些疾病多在清晨、上午比较轻微，从下午起逐渐加重，特别是夜晚更甚。这是由于昼夜阴阳之变化，人体正气也有消长的缘故。
（3）地区方域对人体的影响
因地区气候的差异，地理环境和生活习惯的不同，在一定程度上，也影响着人体的生理活动。如江南多湿热，人体腠理多疏松；北方多燥寒，人体腠理多致密。生活在这样的环境中，一旦易地而处，环境突然改变，初期多感不太适应，但经过一定时间，也就逐渐地能够适应。生活在不同的地理环境条件下，在病理上也有不同的变化，特别是某些地方性疾病，更是与地理环境有密切关系。如处于低洼潮湿之地的人，多发关节疼痛或痿弱不能行走等病；居住高山上的人，多出现瘿病（大脖子病）；湖区多见虫臌病等。许多地方病都与当地地理环境及生活习俗密切相关。
由于人与自然界存在着既对立又统一的关系，所以因时制宜、因地制宜、因人制宜，也就成为中医治疗学上的重要原则。因此，在辨证论治过程中，就必须注意和分析外在环境与内在整体的有机联系，从而进行有效的治疗。
