由于苗族没有本民族文字记载的医籍，这同苗族社会历史发展的各个时期很难确定一样，苗族医药发展无明显的分期。但苗医发展史上确实存在一段较长的“巫医合一”的时期，《说苑辨物》上所说的“苗父”属于这种情况，《宋史·蛮夷列传》载：“西南诸夷，汉(yangke)地，……，疾病无医药，但击铜鼓、铜沙锣以祀神。”苗族人民喜用铜鼓，用它祀鬼神以治病，是较早时期的情况。
我国汉族地区在春秋时期，巫与医已经完全分离，但经济科学文化落后的苗族，却比较完全地保存了“巫医合一”的特点。道光《凤凰厅志·风俗篇》载：苗族民间“疾病延医服药之外，惟祈祷是务，父母病则延老者，十八人牲牢为请命于神，谓之打十保护。童子病则延巫为之解煞，名曰杨关。”这种“巫医合一”的方式，用苗族的俗语来讲，叫做“巫医一家，神药两解”，到清代还很盛行，民国《剑河县志》载：“民知尚稚，笃信鬼神，患病者不事医药治疗，惟气灵于巫祝，有跳神走阴诸名色”。民国《兴仁县志》载：“黑苗巫曰密那，遇病延之，杀犬而禳，名曰打老魔。”上述记载很多，除方志外，清·田雯《黔书》载：“苗人……病不服药，惟祷于鬼，谓巫为鬼师，鬼师乘以愚人”。清·梁雪绳《黔苗词》中曰：“寨旁??岩屋湄边，手携力弩作嬉嬉，病来不解神农药，杀犬屠牛事鬼师。”可见苗族医药中，巫师治疗疾病并非个别现象，而是一个历史现象。有的地方延续至今，呈现了十分复杂的情况。
苗族的巫师，在湘西称“巴对雄”，在黔东南称“相孬嘎”，在川滇黔交界区称“笃能”，女巫又称“迷婆”或“迷那”。苗族在历史上由于苗巫文化的影响而笃信鬼神，日常生活中婚、丧、疾病、节日，都要请巫师主持祭祀仪式。许多村寨都有1～3名巫师、巫师必须熟习各种鬼神的名称、性质和祭祀的方法，会背诵咒语。人生病时，苗巫师对病人施行巫术，称“过阴术”或“望鬼术”，有一套完整的方法。单纯以巫术治病，除了有心理治疗作用外，一般与医学无关。但巫师是苗族早期社会的一种分工，他们又是本民族最早的知识分子，由于医药经验的积累，有一部分巫师掌握了一些医疗技术，施行巫术的同时，还兼用草药和其他方法治病，后来巫师由于社会地位的下降而衰落了，他们当中一部分人分化为职业苗医，但在行医过程中，程度不同地包含着巫术的内容和形式。
苗医外治法还有很大一部分是起源于巫术，虽然它们已完全脱离了巫术的内容与形式，如苗医的滚蛋疗法，最早是巫师敲蛋占卜望鬼时，为加强其法术的神秘性，将煮热的蛋滚动全身而形成。滚蛋疗法在苗医中广为流传。操作简便，疗效较好。更为独特的是，苗医应用滚蛋后蛋壁和蛋黄的颜色变化以诊断并预后疾病，这同巫师敲蛋占卜有着某种联系，构成了苗医的诊法特点。其他如化水疗法、踩铧口疗法等，也有类似情况。
另外，在临床治疗中，一些苗医(或病人自己)主张神、药结合，一方面用药治疗，一方面求神请祖。由于对许多疾病的发生无法解释，对危重病的发展死亡无法理解，只好求助于鬼神而与巫“合作”，既彼此利用，又互相对峙，形成“巫医一家、神药两解”的局面，据黔东南10个县的调查统计，巫与医并用的现象至今在某些局部地方仍然存在着。
“巫医合一”是苗族医学发展史中的一种特殊的历史现象，是由于缺乏科学知识，社会发展缓慢而又极不平衡的历史原因造成的，说明了苗族医药的形成过程，脱离巫术的不彻底性和复杂性。但对“巫医合一”情况应作具体的分析，不可一概而论，虽然巫术阻碍了医学的发展，但并未吞噬医学的精华，从而阻止医学的破土而出，这是由于苗族医药扎根于山区的群众之中，又有几千年的实践经验作为基础的缘故，不能以此作为否定苗族医药存在的理由。今天，由于苗族文化知识的提高，这种“巫医一家”的状况已逐步解体。
