菖蒲分节菖蒲、石菖蒲和水菖蒲三种，它们分别来源于不同的植物，其功能主治也不同。由于市场上三种药材价格相差较大：节菖蒲32～34元/kg；石菖蒲8～9元/kg；水菖蒲3～4元/kg。一些药商将三种菖蒲相互混淆出售，我们在使用时应注意区别。
节菖蒲：又称九节菖蒲、菖蒲。来源于毛茛科植物阿尔泰银莲花的干燥根茎。性温味辛，功效开窍化痰，醒脾安神。药材性状略呈纺锤形，稍弯曲，长1～6cm，直径3～7mm。表面棕黄色至暗棕色，具多数半环状突起的环节，斜向交互排列，节上有鳞叶痕及点状突起的根痕。质坚脆，折断面颗粒状，类白色，粉性，有淡黄色维管束小点断续成环。气微，味微酸而麻舌。
石菖蒲：来源于天南星科植物石菖蒲的干燥根茎。性温，味辛、苦，功效化湿开胃，开窍豁痰，醒神益智。药材呈扁圆柱形，多弯曲，常有分枝，长3～20cm，直径0.3～1cm，表面棕褐色、棕红色或灰棕色，粗糙，有疏密不均的环节，节间长2～8mm，具细纵皱纹；上面有略呈三角形的叶痕，左右交互排列；下面有圆点状根痕或残留须根；节部有时可见毛鳞状叶基残留。质硬脆，折端面纤维性，类白色或微红色，内皮层环纹明显，可见多数散列维管束小点及棕色油点。气芳香，味苦、微辛。
水菖蒲：又称藏菖蒲，来源于天南星科植物水菖蒲的干燥根茎。性温，味苦，功效化痰开窍，健脾利湿。药材性状形似石菖蒲，但较粗大，少分枝，直径1～1.5cm。表面类白色至棕红色，节较稀疏，节间长2～15mm。质坚硬，断面纤维性差，呈海绵样，有多数小空洞，略有泥腥气。
三者从药材个头上最易区别。节菖蒲细，直径0.3～0.7cm；石菖蒲直径0.3～1cm；水菖蒲最粗，直径1～1.5cm。
三者的化学区别：各取粉末1g，用10ml乙醚浸泡20分钟，取浸提液点于滤纸上，干后在紫外灯（254nm）下观察：节菖蒲显浅绿色荧光；石菖蒲显紫红色荧光；水菖蒲显蓝紫色荧光。
